2009. Les tensions politiques sont à leur comble, lorsqu’un avion de ligne est abattu par un missile américain au-dessus de l’Europe de l’Est. Aucun survivant n’est retrouvé dans les décombres. Bien que tous les rapports accablent l’administration américaine, celle-ci nie toute responsabilité dans l’attaque et envoie l’agent Michael Thorton sur place pour trouver les coupables et les traduire en justice. Comment agirez-vous ? Chacune de vos décisions pourra vous coûter la vie dans Alpha Protocol, le prochain jeu d'action du studio Obsidian.