Dans la limite des stocks disponibles, les fans pourront également acheter une édition spéciale de Metroid: Samus Returns incluant une version physique du jeu, un code de téléchargement pour le jeu Game Boy original Metroid II: Return of Samus (à utiliser sur le Nintendo eShop), un boîtier SteelBook, un CD de sélections musicales rassemblant 25 titres issus de la franchise Metroid, un badge "S" doré, un porte-clés 3D boule morphing ainsi qu'un artbook de 40 pages.