La version PC de "Ninja Gaiden : Master Collection" est fortement critiquée car elle n'offre quasiment aucune possibilité de paramétrage. Il y a plusieurs problèmes avec cela. Le jeu est lancé à chaque fois dans la fenêtre et vous devez passer manuellement en plein écran en maximisant la fenêtre. Il n'y a pas non plus de paramètres de résolution dans le jeu. Vous devez ouvrir le jeu dans la bibliothèque Steam, ouvrir le menu des propriétés et sélectionner l'une des trois résolutions (720p, 1080p ou 4K) dans un champ de texte. Le "Ninja Gaiden: Master Collection" ne prend pas en charge le 1440p et il n'y a pas d'options de réglage pour la qualité graphique ou les détails.

Après tout, il n'y a pas d'options de souris et de clavier, ce qui signifie que les joueurs qui n'ont pas de contrôleur ne pourront pas du tout jouer à Ninja Gaiden: Master Collection. Koei Tecmo Games semble avoir fait peu d'efforts. C'est pourquoi le titre est considéré comme l'un des pires ports PC de tous les temps.