Après cinq années passées à Tokyo où elle est devenue une idole de la chanson, Fumika est de retour dans sa ville natale. Dans cette paisible bourgade balnéaire, rien ne change jamais… du moins en apparence. Si elle retrouve en Shuîchi un ami d’enfance toujours aussi timide et passionné de photographie, Fumika découvre que sa camarade Miyuki est devenue amnésique et n’a plus aucun souvenir des grands moments vécus durant l’enfance… Mais l’amnésie signifie-t-elle la fin des sentiments ?

Contrairement à ce que l'on pourrait penser, Un carré de ciel bleu n'est pas un shojo, mais un seinen. L'histoire raconte l'histoire de trois amis, dans une petite ville tranquille du bord de mer. Fumika a quitté ce lieu il y a cinq ans de cela pour faire carrière à Tokyo, mais elle a décidé aujourd'hui de faire un break bien mérité dans sa ville natale. Elle y retrouvera Shuîchi, un garçon assez timide et passionné de photographie, et également son meilleur ami d'enfance. Bien évidemment, le retour de Fumika ne passera pas inaperçu auprès de la population locale, seule son amie Miyuki ne semble pas la reconnaître. Une forme de dédain ? Que nenni, Miyuki a perdu la mémoire suite à un accident et semble désormais un peu perdu. Si Shuîchi semble avoir un certain béguin pour Miyuki, Fumika est bien décidée à profiter de la situation pour séduire Shuîchi.