Alvin, Théodore et Simon, trois petits frères chipmunks - des animaux adorables, et talentueux - décident de s’installer chez le compositeur Dave Seville. Afin de convaincre Dave de les laisser rester chez lui, les frères lui révèlent leurs talents – ils savent parler, et en plus ils chantent à merveille. Les Chipmunks deviennent rapidement les nouvelles stars de la chanson, alors que Dave devient non seulement leur compositeur, mais aussi un petit peu leur papa. Les problèmes commencent alors que le succès leur monte à la tête et que les Chipmunks se rebellent contre Dave. Heureusement, ils vont vite réaliser que la petite famille qu’ils ont créée avec Dave vaut plus que toute la célébrité du monde.

En vacances sur un bateau de croisière, Alvin, Simon, Théodore et les Chipettes font les 400 coups. Mais leurs bêtises vont les faire échouer tous les six sur une île paradisiaque, à première vue déserte.Pendant que Dave essaie désespérément de les retrouver, une autre naufragée, Zoé, bien plus audacieuse et givrée que les Chipmunks, va les entrainer dans leur première grande aventure : un nouveau territoire, de nouveaux défis et de grosses frayeurs vont révéler les vrais caractères de nos chanteurs hors pairs préférés.