Évoluant dans un univers gothique assez étrange, Pandora Hearts met en scène le jeune Oz Vessalius, 15 ans, héritier d’un des quatre grands duchés du pays. Alors que se prépare la cérémonie de passage à l'âge adulte, Oz se sent attiré par une monstre à goussets, attachée à une mystérieuse tombe, et est en proie à de mystérieuses visions, qui semblent pour le moins réels. Le jour de la cérémonie, des individus masqués s'invitent à la fête et enlèvent Oz. Désormais dans l'Abysse, un monde sombre et loin de tout, il a été condamné pour un crime dont il ignore tout. Après être sorti de l'Abysse, Oz est recueilli chez les étranges Rainsworth, en réalité membres de l'organisation Pandora. Depuis sa virée  en dehors du temps et de l'espace, Oz retrouve un monde qui pour le moins changé. Plus inquiétant, un tatouage est apparu sur le torse d'Oz, représentant le cadran d'une horloge. Lorsque l'aiguille aura fait un tour complet, ce dernier sera propulsé au plus profond de l'abysse. Nous n'en sommes pas encore là cependant, l'aiguille avançant très doucement pour le moment. Mais Gilbert prend conscience que la fin d'Oz se précise.

Oz et Elliot se retrouvent face à Humpty Dumpty. Un nouveau flashback nous attend, replongeant dans le passé de Oz. Ce dernier n'est pas humain, mais l'incarnation de B-Rabbit, le lapin noir de la destruction, et ses liens avec Alice sont beaucoup plus anciens qu'on ne le pensait. Tout Pandora Hearts est remis en cause, et il va être bien difficile de tout suivre. Alors qu'il tente de secourir Oz, Gilbert est retenu par un ancien serment passé avec Glen, dont l'âme vient de refaire surface. Sur son ordre, Gilbert finit par tirer sur Oz ! Gilbert va devoir faire un choix : Décidera-t-il de servir à nouveau le chef des Baskerville ou restera-t-il fidèle à Oz ? Eh bien il finira par choisir ce dernier, quitte à devoir sacrifier son bras gauche. Les personnages prennent à présent la fuite, tandis que Oz apparaît toujours heurté par les révélations sur sa réelle nature. Grâce au sacrifice de Gilbert et d’Oscar, Oz fausse compagnie aux Baskerville et parvient à quitter le QG de Pandora par la porte de Lucas. Recueilli par Reim, il trouve refuge au lycée Lutwidge. Mais les faucheurs pourpres ne comptent pas en rester là : ils menacent d’exécuter Sharon, Xerxes et la duchesse Rainsworth si le jeune garçon refuse de se livrer.  Les manigances de Rufus Barma s’éclaircissent enfin : afin de protéger lady Sheryl, le duc a simulé la destruction de la clé des Rainsworth, privant momentanément ces derniers de leurs pouvoirs… Mais, en réalité, c’est la clé de son propre portail qui a été dissipée ! Hélas, tandis que Reim, Oz et les autres découvrent la vérité, le chef des Baskerville exerce sa vengeance sur celui qui l’a trahi. Et le pire est encore à venir. Voilà que Zwei part pour Sablier en prenant Ada Vessalius en otage ! Le monde est sur le point de sombrer… Oz, Gilbert et Alice parviendront-ils à empêcher Glen de modifier le passé ?