L'histoire de Rangaku prend lieu au Japon, plus précisément à Nagasaki en 1641. Le pays du Soleil Levant est encore très replié sur lui meme, et rares sont les étrangers à pouvoir accoster dans l'Archipel. Le chirurgien Hendrik Ven Effen a cette chance, et entreprend une visite poussée de la région. Naturellement le quartier chaud de la ville sera une étape obligée, et Hendrik va y faire une rencontre essentielle.

En effet, il va sauver la vie d'un Samourai, Takeda Kenshin, et ce dernier aura alors une dette à lui rendre, malgré le fait qu'il soit un Occidental. Cette dette va tomber à point car Hendrkl va etre accusé de meurtre, un fait qu'il n'a naturellement pas commis. Kenshin va donc tout faire pour prouver l'innoncence de son ami, et grace aux connaissances médico-légales du jeune chirurgien, la vérité ne peut qu'éclater.