Adaptation du manga éponyme, Full Metal Alchimist : L'Alchimist raconte une aventure des frères Elric en marge de l'histoire du manga. Leur quete les amène en effet dans les régions de l'Est, où le Colonel Roy Mustang les a envoyé en mission d'inspection. De droles de choses se déroulent dans la mystérieuse cité de Wistaria, et Edward et Alphonse vont devoir faire éclater la vérité au grand jour.

Wistaria est en lieu qui vit en total autarcie, replié dans un ravin au fin fond du désert. L'alchimie y a pourtant sa place, car le maitre des lieux, Raygen, a semble t-il créé un lieu paradisiaque, sans danger ni conflit. Pourtant cette apparente perfection ne pourrait bien etre qu'une image d'Epinal. L'utopie est par nature irréalisable, et les frères Elric vont découvrir des secrets pour le moins dérangeant sur cette communauté apparemment sans histoire ...