A Certain Magical Index est l'adaptation d'une light lovel écrite par Kazuma Kamachi et illustrée par Kiyotaka Haimura. Ce manga comporte actuellement 18 tomes au Japon aux éditions Square Enix, et est toujours en cours de parution. Le héros principal de l'histoire, Tôma, a le pouvoir d'annuler tout pouvoir surnaturel, appelé l'"Imagine Breaker", rien qu'en touchant une personne avec sa main droite. Mais dans la Cité Académique, la ville fourmillante d'étudiants en sciences occultes où il vit, cette capacité ne lui attire aucune estime. Comble de l’ironie, à chaque fois qu’il utilise son pouvoir, une terrible malchance s’acharne sur lui. Un jour pourtant, il va faire la rencontre d'une nonne de l'Église d'Anglicane, Index, qui est poursuivie par l'organisation de la Kaballe parce qu'elle a mémorisé une connaissance interdite de 103.000 volumes de magie. Alors que Stiyl Magnus et Kanzaki Kaori veulent effacer la mémoire d'Index uniquement pour son bien, Tôma intervient et cherche un moyen de la sauver. L'Église d'Anglicane a en effet placé un sceau dans le corps d'Index pour préserver les grimoires et un système de défense anti-vol vient d'être activé. Pour ne rien arranger, Tôma a remporté un voyage en Italie d'une semaine. Un cadeau très étonnant lorsque l'on connaît sa malchance légendaire. Il décide malgré tout de s'y rendre, en compagnie d'Index. A leur arrivée, ils retrouvent la nonne Orsola sans se douter du danger qui la menace.

Un nouveau complot impliquant l'Eglise s'organise dans l'ombre, et ce sont cette fois les hommes d'un ordre secret catholique que Tôma devra affronter. Piégés à bord d'un voilier, Tôma et Orsola ne doivent leur salut qu'à l'arrivée surprenante de sœur Agnese. La nonne leur propose un marché en échange de leur liberté : Arrêter les sinistres plans de l'évêque Busoni qui a l'intention de réaliser un sacrifice pour lancer le sortilège de la Reine de l'Adriatique. Rapidement dépassé par les événements, Tôma ne pourra pourtant compter que sur lui-même, Index n'étant jamais à ses côtés lorsque ça tourne mal ! Blessé au cours de son combat contre l'évêque Busoni, Tôma est rapatrié d'urgence au Japon. De retour dans l'archipel, il entend reprendre une vie normal aux côtés de Mikoto, qui compte bien lui infliger un gage après sa victoire lors du Championnat des étoiles. Mais Tôma n'est pas le seul à sortir de convalescence. Accelerator, autrefois le plus puissant esper de la cité académique, se remet doucement d'une lourde bataille. Il va pourtant devoir protéger Last Order, une petit fille très espiègle et qui est le portrait craché de Mikoto. Voilà qui promet. Tôma est quant à lui obligé de faire du shopping, et les quiproquos vont se multiplier avec les différents clones de Mikoto. Le rythme est assez calme tout au long du volume jusqu'au dernier arc où Accelerator va être frappé à nouveau par l'ennemi.