Kanji Sasahara est un jeune étudiant, qui rentre en première année à l'université. Fan de mangas et d'animes, il cherche à adhérer à un club universitaire donc, mais les choix intéressants sont peu nombreux. On trouve tout de meme celui de "culture visuelle moderne", aussi nommé Genshiken. Derrière cet intitulé nébuleux se cache en réalité le repaire des otakus. Pas démonté pour autant, Kenji décide de se renseigner plus en détails sur les réelles activités du club. Lors de cet exercice, il va tomber dans un piège ou plutot le test d'entrée dans la communauté. Il le réussit sans problème et décide donc de faire un bout de chemin avec le Genshiken. S'ensuit alors une plongée dans les quartiers branchés de Tokyo, à la recherche du dernier jeu vidéo ou manga à la mode.

Sasahara a désormais parfaitement réussi son intégration au Genshiken. Il est temps d'aller à une convention chercher de nouveaux fanzines, mais à leur retour, l'université va annoncer une bien mauvaise nouvelle. En effet, elle a décidé de fermer ce club, en raison de "leur manque d'activités officielles". Entre dépit et consternation, les membres du Genshiken accueillent la nouvelle comme un coup de tonnerre, et sont résignés à quitter le navire. Mais, Saki ne l'entend pas ainsi, et a décidé de lutter pour que le club poursuive ses activités. Cela sera t-il suffisant ?