Kanji Sasahara est un jeune étudiant, qui rentre en première année à l'université. Fan de mangas et d'animes, il cherche à adhérer à un club universitaire donc, mais les choix intéressants sont peu nombreux. On trouve tout de meme celui de "culture visuelle moderne", aussi nommé Genshiken. Derrière cet intitulé nébuleux se cache en réalité le repaire des otakus. Pas démonté pour autant, Kenji décide de se renseigner plus en détails sur les réelles activités du club. Lors de cet exercice, il va tomber dans un piège ou plutot le test d'entrée dans la communauté. Il le réussit sans problème et décide donc de faire un bout de chemin avec le Genshiken. S'ensuit alors une plongée dans les quartiers branchés de Tokyo, à la recherche du dernier jeu vidéo ou manga à la mode.

L'anime est en effet une véritable mise en abyme sur les activités réelles des otakus japonais. On y découvre tout, que ce soit les conventions très ciblés, les concours de cosplays (ou comment se grimmer en ses personnages favoris) ou encore la construction des modèles réduits de mechas (les fameux robots type Gundam). Naturellement, le tout est porté par un humour constant, grace à des dialogues efficaces, et finalement des comportement décrits assez réalistes, et loin de la caricature de certains mangas Occidentaux.