Shojo de son état, l'Académie Alice narre les aventures de Mikan et Hotaru, deux jeunes filles élevées ensembles dans un petit village à la campagne, et meilleures amies du monde. Mais un jour, Hotaru change soudainement d'école pour intégrer une académie à Tokyo. Mikan décide de suivre Hotaru et se retrouve devant l'Académie Alice. Celle-ci est une école élitiste, où n'est admis qu'un genre très particulier de surdoués. En effet, les élèves possèdent des pouvoirs spéciaux appelés Alice, et il leur est interdit de sortir de l'école ou de communiquer avec leurs proches.

La mystérieuse organisation "Z" étant désormais réduite à néant, la tranquilité semble être revenue à l'Académie Alice, et à la veille de Noël, cela n'est pas de trop de se reposer un peu. Mais à l'occasion du bal de fin d'année, les vieilles querelles sont de retour. Toutefois, tout semble désormais réunir Mikan et Natsumé. A moins qu'un énième rebondissement ne vienne tout gâcher.