A Certain Magical Index est l'adaptation d'une light lovel écrite par Kazuma Kamachi et illustrée par Kiyotaka Haimura. Ce manga comporte actuellement 13 tomes au Japon, et est toujours en cours.  Le héros principal de l'histoire, Tôma, a le pouvoir d'annuler tout pouvoir surnaturel, appelé l'"Imagine Breaker", rien qu'en touchant une personne avec sa main droite. Mais dans la Cité Académique, la ville fourmillante d'étudiants en sciences occultes où il vit, cette capacité ne lui attire aucune estime. Comble de l’ironie, à chaque fois qu’il utilise son pouvoir, une terrible malchance s’acharne sur lui. Un jour pourtant, il va faire la rencontre d'une nonne de l'Église d'Anglicane, Index, qui est poursuivie par l'organisation de la Kaballe parce qu'elle a mémorisé une connaissance interdite de 103.000 volumes de magie. Alors que Stiyl Magnus et Kanzaki Kaori veulent effacer la mémoire d'Index uniquement pour son bien, Touma intervient et cherche un moyen de la sauver. L'Église d'Anglicane a en effet placé un sceau dans le corps d'Index pour préserver les grimoires et un système de défense anti-vol vient d'être activé.

Après l’affaire Awaki Musujime, Tôma aurait pu s’attendre à avoir enfin un peu de répit… D’autant que le Championnat des étoiles, un tournoi opposant tous les établissements scolaires de la Cité Académique, est sur le point de commencer. Mais la légendaire chance de notre jeune esper n’est pas près de le quitter : dès le début du festival, une nouvelle menace se profile à l’horizon, sous la forme d’un mystérieux artefact. Avec Stiyl et Motoharu, Tôma se lance à la poursuite d’une mystérieuse intruse dans les rues de la Cité Académique. La demoiselle, nommée Oriana Thomson, n’est autre qu’une transporteuse missionnée par l’Église catholique romaine, chargée de livrer un redoutable artefact. Mais la jeune femme a plus d’un tour dans son sac : elle leur glisse entre les doigts après avoir privé Stiyl de ses pouvoirs ! Seul moyen de la contrer, mettre la main sur son grimoire, dissimulé sur l’un des terrains de jeu de la ville …