Shojo de son état, l'Académie Alice narre les aventures de Mikan et Hotaru, deux jeunes filles élevées ensembles dans un petit village à la campagne, et meilleures amies du monde. Mais un jour, Hotaru change soudainement d'école pour intégrer une académie à Tokyo. Mikan décide de suivre Hotaru et se retrouve devant l'Académie Alice. Celle-ci est une école élitiste, où n'est admis qu'un genre très particulier de surdoués. En effet, les élèves possèdent des pouvoirs spéciaux appelés Alice, et il leur est interdit de sortir de l'école ou de communiquer avec leurs proches.

Mikan découvre que son second alice est celui du vol, voilà qui promet pour la suite. Car le directeur du Primaire est conscient du bien précieux que représente cet Alice, et a l'intention de le dérober. M.Narumi propose à Mikan de s'enfuir avant qu'il ne soit trop tard. De son côté, Tsubasa a disparu. Y a t-il un lien entre les deux affaires ? Quoiqu'il en soit, Mikan a décidé de se réfugier dans le lycée, l'occasion d'en apprendre plus sur naissance. Des révélations importantes auront lieu, ce qui la poussera à remonter le temps, avec le concours de Natsumé, Hotaru et Luca. Un programme éprouvant, et qui donnera lieu à des retrouvailles inattendues. L'occasion également de découvrir la jeunesse de certains parents de membres de l'Académie Alice, et parfois d'étonnantes surprises. Le final de cet arc de la série Académie Alice s'annonce pour le moins déconcertant ...