A Certain Magical Index est l'adaptation d'une light lovel écrite par Kazuma Kamachi et illustrée par Kiyotaka Haimura. Ce manga comporte actuellement 17 tomes au Japon aux éditions Square Enix, et est toujours en cours. Le héros principal de l'histoire, Tôma, a le pouvoir d'annuler tout pouvoir surnaturel, appelé l'"Imagine Breaker", rien qu'en touchant une personne avec sa main droite. Mais dans la Cité Académique, la ville fourmillante d'étudiants en sciences occultes où il vit, cette capacité ne lui attire aucune estime. Comble de l’ironie, à chaque fois qu’il utilise son pouvoir, une terrible malchance s’acharne sur lui. Un jour pourtant, il va faire la rencontre d'une nonne de l'Église d'Anglicane, Index, qui est poursuivie par l'organisation de la Kaballe parce qu'elle a mémorisé une connaissance interdite de 103.000 volumes de magie. Alors que Stiyl Magnus et Kanzaki Kaori veulent effacer la mémoire d'Index uniquement pour son bien, Tôma intervient et cherche un moyen de la sauver. L'Église d'Anglicane a en effet placé un sceau dans le corps d'Index pour préserver les grimoires et un système de défense anti-vol vient d'être activé.

Alors que le Championnat des étoiles, un tournoi opposant tous les établissements scolaires de la Cité Académique, est sur le point de se terminer, Tôma a remporté un voyage en Italie d'une semaine. Un cadeau très étonnant lorsque l'on connaît sa malchance légendaire. Il décide malgré tout de s'y rendre, en compagnie d'Index. A leur arrivée, ils retrouvent la nonne Orsola sans se douter du danger qui la menace. Un nouveau complot impliquant l'Eglise s'organise dans l'ombre, et ce sont cette fois les hommes d'un ordre secret catholique que Toma devra affronter. A priori, rien de bien nouveau dans son quotidien, sauf qu'il va devoir en plus sauver Venise de la destruction ! Rapidement dépassé par les événements, Tôma ne pourra pourtant compter que sur lui-même, Index n'étant jamais à ses côtés lorsque ça tourne mal !