A Certain Magical Index est l'adaptation d'une light lovel écrite par Kazuma Kamachi et illustrée par Kiyotaka Haimura. Ce manga comporte actuellement 9 tomes au Japon, et est toujours en cours.  Le héros principal de l'histoire, Tôma, a le pouvoir d'annuler tout pouvoir surnaturel, appelé l'"Imagine Breaker", rien qu'en touchant une personne avec sa main droite. Mais dans la Cité Académique, la ville fourmillante d'étudiants en sciences occultes où il vit, cette capacité ne lui attire aucune estime. Comble de l’ironie, à chaque fois qu’il utilise son pouvoir, une terrible malchance s’acharne sur lui. Un jour pourtant, il va faire la rencontre d'une nonne de l'Église d'Anglicane, Index, qui est poursuivie par l'organisation de la Kaballe parce qu'elle a mémorisé une connaissance interdite de 103.000 volumes de magie. Alors que Stiyl Magnus et Kanzaki Kaori veulent effacer la mémoire d'Index uniquement pour son bien, Touma intervient et cherche un moyen de la sauver. L'Église d'Anglicane a en effet placé un sceau dans le corps d'Index pour préserver les grimoires et un système de défense anti-vol vient d'être activé.

Les poursuivants d'Index ne cherchaient pas à voler les grimoires car en réalité, ils font partie de la même organisation qu'Index, Necessarius. L'Église Anglicane précise que les grimoires occupent 85 % du cerveau d'Index, donc il ne lui reste seulement que 15 % "d'espace libre" pour ses activités quotidiennes. Cependant, le professeur Komoe chez qui Tôma trouve refuge, est persuadé qu'un humain peut stocker une quantité illimitée de mémoires donc il est impossible qu'Index ne meure d'un surplus de données. Mais le lycéen se rend vite compte que cette histoire n’est qu’une invention de l’Église pour tenir Index sous son joug ...