Capcom a annoncé que Proto Man (frère de Mega Man) sera jouable dans Mega Man 9. Il faudra en réalité le télécharger par le biais d'un prochain contenu supplémentaire sur le WiiWare, PSN et XBLA pour environ 1,99€. Proto Man dispose de deux changements par rapport à Mega Man. Premièrement, il peut se protéger des tirs ennemis grâce à son bouclier. En outre, lors de glissades, Proto Man peut charger son arme.