Shojo de son état, l'Académie Alice narre les aventures de Mikan et Hotaru, deux jeunes filles élevées ensembles dans un petit village à la campagne, et meilleures amies du monde. Mais un jour, Hotaru change soudainement d'école pour intégrer une académie à Tokyo. Mikan décide de suivre Hotaru et se retrouve devant l'Académie Alice. Celle-ci est une école élitiste, où n'est admis qu'un genre très particulier de surdoués. En effet, les élèves possèdent des pouvoirs spéciaux appelés Alice, et il leur est interdit de sortir de l'école ou de communiquer avec leurs proches.

Dans ce tome, le festival culturel de l'école bat son plein et est un énorme succès. Le 3ème jour est d'ailleurs son point d'orgue avec la comédie musicale des alices "phy". Mais, alors que Mikan se réjouissait de voir Luca sur scène, un imprévue va compliquer la donne. Et la suite des évènements risque de tourner au vinaigre ...