Shojo de son état, l'Académie Alice narre les aventures de Mikan et Hotaru, deux jeunes filles élevées ensembles dans un petit village à la campagne, et meilleures amies du monde. Mais un jour, Hotaru change soudainement d'école pour intégrer une académie à Tokyo. Mikan décide de suivre Hotaru et se retrouve devant l'Académie Alice. Celle-ci est une école élitiste, où n'est admis qu'un genre très particulier de surdoués. En effet, les élèves possèdent des pouvoirs spéciaux appelés Alice, et il leur est interdit de sortir de l'école ou de communiquer avec leurs proches.

Le jour du nouvel an est également celui de l'anniversaire de Mikan, qui fête ainsi ses 11 ans. En guise de cadeau, elle reçoit une balle magique, permettant d'assister à la flower garden party, un rendez-vous qui semble quelque peu déroutant. Natsumé ne veut d'ailleurs pas qu'elle s'y rende, et l'avenir lui donnera raison. Tsubasa a en effet lancé un sortilège sur les élèves, afin de les coller ensemble. Natsumé et Mikan vont donc devoir passer la nuit ainsi ...