Aladin est un jeune garçon étrange qui ne se sépare jamais de sa flûte. En effet, elle abrite Hugo, un géant à la force surpuissante. Aladin va faire la connaissance d'Ali Baba qui voit en cette flûte magique un chemin rapide vers la fortune et la gloire. Les deux compagnons partent explorer de mystérieux labyrinthes qui attirent les aventuriers de tout le pays. Nous plongeant au cœur des 1001 nuits, Magi met en scène un personnage d'Aladin bien loin des contes d'autrefois. On ignore d'ailleurs tout de son passé, si ce n'est qu'il a un jour rencontré un génie et qu'il ne lui a demandé qu'une seule chose, devenir son ami. Depuis, Hugo, est enfermé dans sa flûte, mais suite à un problème, il ne parvient plus en sortir sa tête. Ali Baba (sans les quarante voleurs) voit en la flute un élément essentiel pour visiter les mystérieux labyrinthes qui parsèment la région. Après avoir réussi avec succès d'en traverser un, Aladin est malheureusement expédié bien loin de chez lui, et intègre une tribu qui vit dans les plaines. Morgiane a quant à elle débutée une nouvelle vie, mais son cheminement pour être en paix semble encore long. Quant à Ali Baba, il a beaucoup changé en six mois, et pas forcément dans le bon sens.

Après moult épreuves, notre trio de personnages a rencontré un personnage fantasque, un certain Sinbad. Alors qu'ils prennent du bon temps chez lui, Sindbad décide de les soumettre à un entraînement dans le royaume paradisiaque de Sindoria. Afin de défier l'Empire Kô ? Il semblerait que le temps soit venu. Cependant, avant cela, Morgiane devra visiter un labyrinthe afin d'orner son équipement d'un djinn, et celui de Zagan s'annonce pour le moins éprouvant. En effet, arrivés dans ce lieu d'épouvante, les trois compagnons de route se retrouvent à des marchands qu'ils avaient rencontrés lors du marché des Tran. Ceux-ci dévoilent enfin leur vrai visage : Ils font parti de l'organisation de l'étoile, et sont bien décidés à en finir avec Aladin et Ali Baba. A peine sont-ils rentrés dans le palais de Sindbad qu'un étrange personnage surgit et contamine qul le touche avec des esprits sombres. L'affrontement contre le royaume de Kô se fait de plus en plus pressant, et il est temps pour tous les personnages de quitter Sindoria, chacun avec un objectif différent à atteindre. L'heure est maintenant venue de pénétrer à Magnostadt, la terre de magie où Aladin va poursuivre son apprentissage de Magi. Pendant ce temps, Ali Baba se rend à Rehm, où il doit trouver les Yambaras pour l'aider à mieux contrôler ses pouvoirs. Cela sera l'occasion de retrouver certains personnages, pas toujours sympathiques de surcroît. Quant à Morgiane, elle est toujours déterminée à se rendre dans le continent obscur. La route est délicate car elle doit trouver un gigantesque gouffre dont personne n'est jamais revenu !