Sega of America a précisé que les versions occidentales de Yakuza 3 contenaient quelques modifications par rapport à l'original japonais. Ainsi, nous apprenons qu'un quiz sur l'histoire du Japon a été supprimé, de même qu'un club d'hotesse. L'éditeur a cependant veillé à ce que la continuité de l'histoire soit toujours préservée.