Après avoir été trahie et décimée par une organisation terroriste, l'équipe des GI Joe réalise que le gouvernement a été infiltré et que notre monde est au bord de la destruction. Sans alliés, sans renforts et sans personne à qui se fier, Roadblock et ses GI doivent identifier l'ennemi pour tenter de sauver notre civilisation. Ils font alors appel à celui qui a donné son nom à leur corps d'élite : Joe Colton.

Après le dessin animé des années 1980  où les moyens financiers de l'ennemi pour construire des bases titanesques et des véhicules d'enfer frôlaient l'incroyable, voici un film qui reprend les mêmes ficelles. Il est à noter que G.I. Joe : Conspiration est la suite directe de G.I. Joe : Le réveil du Cobra, sorti en 2009. Si nous avions affaire à des robots, certains de ces gadgets auraient pu passer l'inspection, mais une armure qui pousse le corps au-delà de ses capacités sans le briser, c'est vraiment de la science-fiction, de même qu'un looping de quelques secondes à Mach 6 sans réellement en subir la force gravitationnelle. En plus, on nous sert du réchauffé. Les personnages demeurent caricaturaux et ont des motivations esquissées grossièrement, les effets spéciaux sont tape-à-l'œil et les scènes d'actions ne sont pas très crédibles (proche du jeu vidéo). Par contre, pour les nostalgiques, le plaisir de retrouver les personnages d'antan sera bien présent.