Un Iris est un pouvoir spécial, permettant à une personne de voir en "réalité augmentée" si l'on peut dire. Il y a vingt-sept ans, seul 1% des enfants étaient nés avec cette capacité. Cinq ans plus tard, les courbes s'inversèrent et moins de 1% des enfants ne possédaient pas cette compétence. C'est le cas de Toru Mizushima, qui comme les adultes, n'a pas d'Iris (d'où le titre Iris Zero). Dans le passé, il a été la cible de discrimination et a été fréquemment attaqué à cause de cela. C'est pourquoi il vit quelque peu replié sur lui même maintenant, et évite de s'exposer avec d'autres élèves. Mais les choses se compliquent lorsque Koyuki Sasamori, une fille populaire du lycée, vient lui parler et lui demander de l'aide. La faculté de Koyuki permet de savoir qui est qualifié pour telle tâche, et c'est pourquoi elle doit souvent choisir les fonctionnaires et les membres du personnel. Aujourd'hui, elle doit trouver le nouveau président du conseil des élèves, et après des jours de recherches, le résultat est toujours nul.  Elle a donc cherché qui pourrait l'aider dans sa mission, et c'est Toru qui est apparu. Bien qu'il se montre assez réticent, Toru finira malgré tout à accepter cette requête et Koyuki sera finalement choisie comme président du conseil des élèves. Si Toru pensait en rester là, Koyuki est déjà devenue une partie importante de sa vie, et cela risque de changer beaucoup de choses.

Alors que la fête de la culture bat son plein, le lycée est le théâtre d'un drame. Le vêtement que devait porter Koyuki a disparu. Toru est sollicité pour aller enquêter, pour la discrétion on repassera ! Pendant de ce temps, Koyuki est fermement décidé à en connaître davantage sur Toru. C'est pourquoi elle demande à Hijiri, son unique ami, de lui dévoiler le secret de leur amitié, et le passé de Toru ...