Contrairement au futur film,  Superman/Batman réunit les deux super-héros sous une même bannière. Le récit réunit deux histoires scénarisées par Jeph Loeb, mais avec deux dessinateurs différents. Dans la première partie, Lex Luthor est devenu président des États-Unis (2001-2003). Alors qu'un astéroïde, en réalité une partie de la planète Krypton, s'apprête à impacter la Terre, Luthor désigne Superman comme responsable de cet événement. Devenu l'ennemi public numéro 1, Superman ne veut compter que sur un seul allié, Batman, étant désormais poursuivi par la Justice League, les méchants habituels des DC Comics, mais également la garde personnelle de Luthor. Dans la deuxième partie, la cousine de Superman, Kara Zor-El, atterrit sur Terre entièrement nue. La jeune femme ne s'exprime qu'en kryptonien et personne n'est en mesure de la comprendre, à l'exception de Clark Kent. Batman est quant à lui beaucoup plus nuancé sur ses véritables motivations, mais les forces de Darkseid convoitent de très près cette kryptonienne, ou plutôt ses pouvoirs. (Contient les épisodes Superman/Batman #1 à 13 et Superman/Batman Secret Files #1).

Publiée de 2003 à 2011, la série Superman/Batman comporte 87 épisodes et 5 annuels. On appréciera la qualité des intrigues et la double narration, menée en parallèle par Superman et Batman, un duo qui devine exactement les pensées de l'autre et qui se fait une entière confiance. La première intrigue est dessinée par Ed McGuiness qui nous présente un duo de héros très costaud, presque rustre, pour une partie action redoutable. La seconde intrigue, signée par le regretté Michael Turner, est beaucoup plus douce, et l'aspect fan service est d'ailleurs un peu exagérée. Notons que ces deux grands récits ont été adaptés en films d’animation sous les titres de Superman/Batman : Public Enemies et Superman/Batman : Apocalypse.