Coco est un jeune orphelin rêvant de devenir un pirate, à l'instar de son idole, le Capitaine Bart du Sweet Madonna. Lors d'une mission (la quête de Falcon), Crazy Bart croise par hasard Coco, et découvre que ce jeune garçon pourrait bien être utile pour la suite de ses aventures. Pourchassés par le Capitaine Spado et son fils Cafel, la chasse au trésor va prendre un tout autre visage. Après avoir mis en déroute les membres d'Immacula, le Sweet Madona a repris sa route vers de nouvelles aventures, et plus particulièrement vers la recherche des pierres de forces vive. Mais le chemin vers la mystérieuse cité de l'arc-en-ciel n'est pas une sinécure, et Zagi l'illusionniste vient les mettre en garde contre les dangers de lieux ...

Pour y accéder, il faudra au préalable traverser le cimetière des pirates, un endroit pour le moins glauque, dont personne n'a jamais réussi à s'échapper. Partie seule sur les lieux, Spada en fait les frais, et pour tenter de la sauver, tout le Sweet Madonna se lancer à sa recherche. Arrivé sur les lieux, l'équipage du Sweet Madonna est assailli par des hordes de formicas, des créatures qui semblent être des mutants créées par une sorte de matrice.  C'est donc là qu'il faudra se rendre pour enrayer la menace.