Angèle (Ariane Ascaride), Joseph (Jean-Pierre Darroussin) et Armand (Gérard Meylan) sont frères et sœurs. Angèle ayant quitté la région depuis longtemps, ils ne se sont pas retrouvés sous le même toit tous les trois depuis très longtemps. Mais leur père Maurice (Fred Ulysse) étant atteint d'une malade incurable, la fratrie a décidé de venir passer le peu de temps qu'il lui reste auprès de lui dans une calanque près de Marseille. Une réunion qui va les amener à remonter le fil du temps, d’abord avec mélancolie, puis avec un ressac, celui de la tragédie familiale qui les a dispersés. Pourtant, lorsqu'ils découvrent de jeunes enfants dissimulés près de la mer, probablement des rescapés d'un naufrage, les trois frères et sœurs n'ont d'autres choix que d'arrêter leur réflexion pour s'en occuper.

Le réalisateur de Marius et Jeannette a campé le récit dans un petit village attenant à Marseille. Guédiguian dresse le portrait d'un passé révolu, mais pas encore disparu. Les spectateurs devront réfléchir sur les classes sociales, le soi-disant progrès et l'embourgeoisement, mais également sur la solitude et les sentiments qui sont au cœur des relations humaines. La fratrie déboussolée va finalement retrouver un objectif grâce aux migrants qui débarquent dans leur calanque. Malgré un scénario à priori simple, La Villa invite à la réflexion, notamment sur la mort et la résilience.