La saison 7 se déroule 4 ans après les événements du Jour 6 à Washington D.C. et commence à 8 heures du matin, heure de la Côte Est. La journée débute sur Jack Bauer, jugé pour ses actions criminelles des journées précédentes par une commission sénatoriale dirigée par le sénateur Mayer, notamment concernant le meurtre d'un terroriste du nom d'Ibrahim Haddad dans un bus. Le procès de Jack est une partie du procès des acteurs de la cellule anti-terroriste, qui a été démantelée quelques mois plus tôt, et dont les membres ont à répondre de leurs actes, dont Jack Bauer.

L'agent du FBI Renee Walker vient interrompre le procès de Jack Bauer pour demander son aide dans l'attaque terroriste dont fait partie Tony Almeida et dirigé par le colonel Ike Dubaku que subit les Etats-Unis qui ont le contrôle des infrastructures informatisées comme le contrôle aérien et les infrastructures chimiques.  Bill Buchanan apparaît à partir de l'épisode 3 en se faisant contacter par Jack par l'intermédiaire de Tony. Mais il meurt dans l'épisode 13 en se sacrifiant pour sauver la présidente !

Dans la deuxième partie de la saison, les Etats-Unis subissent une attaque biologique  orchestrée par la société militaire Starkwood dirigé par Jonas Hodges.  Tony Almeida fait son retour. Annoncé mort après s'être fait planter une seringue de produit toxique par Christopher Henderson dans l'épisode 13 de la saison 5, il fait son retour en tant que terroriste, qui est peut-être infiltré. On découvrira plus tard dans la saison les réelles motivations de Tony.