Nous sommes en l’an 2999, la troisième guerre de l’espace est terminée et la galaxie a de nouveau retrouvé le calme et la paix. Le système solaire, ayant choisi la Terre comme chef, s’emploie activement à sa reconstruction.

Mais ce calme précaire est menacé par l’apparition d’un vaisseau de l'Alliance impériale. Sa puissance surpasse tous les autres vaisseaux et la défaite des terriens semble inévitable. Il ne reste alors qu'un seul recours : utiliser le "X Bomber", un prototype de vaisseau de combat. Les cadets les plus prometteurs de l'Académie Star Fleet sont envoyés à son bord : Cyril, Héraclès et Léo, pour assister le Docteur Ben dans sa mission. Une jeune femme à l'origine inconnue du nom de Floriane se joint bientôt à eux, avec son garde du corps Raspoutnik.

La bataille va alors pouvoir commencer...