Le Japon féodal du Bakufu est sur le point de s’effondrer sous les assauts des clans progressistes. La sécurité dans la capitale impériale de Kyoto est assurée par un groupe de samouraïs d’élite : le shinsengumi. Tetsunosuke Ichimura, leur plus jeune et plus récente recrue, est à peine âgé de quinze ans. Il a rejoint les rangs du shinsengumi pour devenir plus fort et venger la mort de son père. Un étranger, utilisant une arme à feu, arrive à Kyoto. Son chemin croise celui du fils d’un homme qui se fait appeler le "Peacemaker" et les membres du shinsengumi se retrouvent impliqués dans l’affaire. Peu après, Tetsunosuke enquête sur la mort troublante d’un vieil homme. Il connaît peut-être quelqu’un susceptible de lui indiquer une piste...

Peace Maker Kurogane est la suite de Peace Maker. Comme ce dernier, il se déroule durant l'Ere des Samouraïs, mais met en scène un nouveau héros, Ichimura Testunosuke, qui a décidé à venger ses parents, assassinées par les extrêmistes chôchus, un clan très puissant et favorable à l'Empereur. Pour Ichimura, le seul moyen de pouvoir les approcher est de se faire enrôler dans le clan des Shinsengumi, un puissant groupe de guerriers, les Loups de Mibu. Ichi devra passer un long parcours du combattant avant d'arriver à ses fins ...