Code Lyoko : X.A.N.A Destruction Finale prend place durant la quatrième saison du dessin animé. La virus X.A.NA. a infecté le web mondial et s'étend rapidement jusqu'à contaminer les membres de Code Lyoko. Leur ancien ami William y a succombé et a désormais employé des monstres contre eux. Seul espoir, vaincre les Replikas, les grands ennemis cachés quelque part dans le monde de Lyoko. Votre objectif étant à présent connu, la partie peut débuter Concrètement, le jeu se présente comme un jeu de rôles 3D très classique, où vous allez devoir explorer les grandes zones de la série et combattre une multitude d'ennemis tout en actionnant quelques switchs histoire de repousser les machineries ennemies. Vous pouvez incarner Odd, Yumi, Ulrich et Aelita, et chacun d'entre disposent de capacités qui leur sont propres, et qui pourront être améliorées durant la progression.

Techniquement parlant, Code Lyoko propose une réalisation assez honnête, avec un graphisme fidèle au programme même si les décors sont parfois un peu vides et que des ralentissements se font sentir lorsque l'écran est trop chargé. La jouabilité du jeu est assez bonne et exploite bien le support, mais les combats ont été trop simplifiés, ce qui créé finalement un manque de dynamisme des situations. La difficulté du jeu est elle raisonnable, bien que certains affrontements se montrent plus délicats que d'autres. Enfin, un passage aventure est également présent dans Code Lyoko. Comme dans le précédent volet DS, le collège Kadic est présent et le jeu passe en 2D à ce moment là.